Gedurende de kinderleeftijd worden botten steeds sterker. Dit komt omdat de sterkte van de botten (botdichtheid) toeneemt onder invloed van lichamelijke activiteit en hormonen, zoals schildklierhormoon, groeihormoon en de geslachtshormonen (oestrogeen bij meisjes, testosteron bij jongens). Bij mensen zonder Prader-Willi syndroom neemt de botdichtheid toe tot de leeftijd van ongeveer 20-25 jaar. Daarna begint de botdichtheid weer te dalen. Hoe hoger de botdichtheid op de leeftijd van 20-25 jaar, hoe gunstiger.
Uit onderzoek is gebleken dat kinderen met PWS tot ongeveer 12 jaar een normale botdichtheid hebben. Tijdens de puberteit gaat de botdichtheid in de loop van de tijd achteruit en daardoor hebben jongvolwassenen met PWS rond de leeftijd van 20-25 jaar gemiddeld een lagere botdichtheid (zwakkere botten) dan leeftijdsgenoten en hierdoor op de langere termijn een grotere kans op botbreuken.
Puberteitshormonen zijn heel belangrijk voor een goede botdichtheid. Bij jongens en meisjes zonder PWS zien we in de puberteit een stijging van testosteron en oestrogeen in het bloed, wat zorgt voor een verbetering van de botdichtheid in de puberteit. Bij jongens en meiden met PWS is deze stijging beperkt, waardoor de waarde in het bloed laag blijft.
De botdichtheid kan bepaald worden met behulp van een DEXA-scan (zie plaatje hieronder). Voor de botdichtheid zijn referentiewaarden bekend, waardoor de botdichtheid van iemand met PWS vergeleken kan worden met iemand van hetzelfde geslacht en leeftijd zonder PWS. Als de botdichtheid bij jongens en meisjes met PWS begint af te nemen en de waarden van testosteron en oestrogeen in het bloed laag blijven, wordt bij meisjes vanaf 12 jaar en bij jongens vanaf 14 jaar overwogen extra oestrogeen of testosteron te geven.